太元二十一年（396年）司马曜被杀，太子司马德宗继位。元兴二年（403年），桓玄篡位称帝，改国号为楚，安帝被封为平固王，元兴三年（404年），又被迁至浔阳，同年三月，刘裕在京口起兵，击败桓玄，桓玄挟安帝逃往江陵，不久桓玄被杀，安帝在江陵复位。但桓玄的余部又攻陷江陵，安帝再次被俘。直到义熙元年（404年）安帝才得以回到建康。司马德宗只能再次沦落为傀儡，落入新军阀刘裕手中，后被刘裕派近侍勒死，伪造了一道遗诏，宣称因病暴毙，临终时把皇位传给了司马德文[2]。
《晋书·安帝纪》称“帝不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。凡所动止，皆非己出”[3]。
