东山市公安局禁毒大队李飞、宋杨夜袭塔寨，抓获毒贩林胜文后却被村民围攻，销毁了物证。在审讯过程中，林胜文态度嚣张，却被李飞套出证词。李飞和宋杨在林胜文情妇周琳家中调查时得知林胜文被取保候审。宋杨不慎向蔡军泄露审讯时林胜文的证词。次日，林胜文在家中死亡。宋杨收到ps过的陈珂裸照，抓捕包星时失去联络。禁毒局副局长李维民展开缉毒行动，为了查获数额为一吨的毒品交易，李维民进行了精密的部署。

李飞为了救宋杨，来到北山养鸡场与蔡杰等人发生激战，受伤后晕倒，宋杨也被人用李飞的手枪杀害。香港商人赵嘉良在与毒贩交易时收到手下来电，赵嘉良决定立刻取消交易。陈珂的弟弟陈岩被抓，指认李飞涉毒并设局杀害宋杨。受伤住院的李飞躲过暗杀后，含冤潜逃去找涉案人包星。“警察杀警察”案，社会影响巨大。在林水伯的帮助下，李飞联系上了陈珂，在悲痛中陈珂选择相信李飞，将李飞约她在丰益宾馆见面的事情告知李维民。

李维民主动请求回避此案，说出李飞与自己情同父子，相信李飞不会涉毒。他暗中通知赵嘉良去找李飞，并试图用陈珂找到李飞。李飞去丰益宾馆找陈珂，却在门口被人伏击。李飞抢下出租车逃离丰益宾馆，后被赵嘉良的手下抓获。赵嘉良应李维民的要求放走李飞。李飞夜里来到包星公司，遇见李维民，李维民劝说李飞回警局接受询问。公安部了解到李飞幼年时母亲牺牲、父亲逃港，之后被李维民养大的身世。赵嘉良找到了毒贩刘华明的位置。

刘华明被赵嘉良的手下抓走，严刑拷打。公安部召李维民到北京述职，郝副部长下令以调查五一三案为借口，成立联合调查组铲除东山制毒基地。李维民任组长，左兰任副组长。崔振江向李飞询问关于蔡永强的事。面对联合调查组，马云波说出被李飞救命的往事。李飞表示不查清陈珂弟弟陈岩的案件，他什么也不会说。陈珂、宋杨、李飞三人之间的往事浮出水面。李维民发现陈岩可能被人威胁，决定亲自审问陈岩。

陈岩在李维民的审问下，漏洞百出，承认他被人威胁做了伪证。赵嘉良用刘华明的妻儿作威胁，刘华明将中间人灰仔供出。东山群众受人蛊惑公开游行，抗议李维民担任联合调查组组长，警局上下都密切关注此次群众事件。李维民主动来到示威现场，揪出煽动群众的犯罪分子。李飞得知陈岩洗清冤屈后，向调查组讲述林胜文案子的始末，矛头直指蔡永强。蔡永强被约谈，对于李飞提出的种种疑点，蔡永强都一一地做了清楚的解释。