1937年2月，纳粹德国在希特勒的批准下，启动“铀计划”，即大规模杀伤性武器，原子弹的研制工作。整个计划在实验初期，进展非常顺利，但最 终，由于制造反应堆的石墨纯度难以达标而受阻。几年后，美国利用从德国出逃的科学家，正式启动“曼哈顿计划”，迅速掌握了石墨的提纯技术，使原子弹的研究 工作，获得巨大进展。中国西南地区，蕴藏着丰富的石墨资源，昆明“史迪威训练基地”，成为美军研制及生产高纯度石墨的重要地点。同一时间，日军在德国的 授意下，开始派遣大量间谍，渗透到中国昆明，试图窃取石墨提纯的重要技术。1943年.昆明美军史迪威基地，日本间谍吉川猛夫窃取到制造原子弹的重要石墨资料后，逃跑至美军俱乐部。基地军官魏明磊带兵追赶，吉川被打伤后逃走。重庆政府得知资料被盗事件后震怒，军统接受命令，必须要在最短时间内，找回被盗切 的原子弹石墨资料。军统的老于找到五特人员，请求帮忙，马云飞和何坚不愿帮忙，但大姐欧阳、高寒和李智博还是答应了老于，立刻动身赶往昆明。同一时间，日特组织也得悉吉川成功窃取资料，并且得知吉川已经有了二心，准备偷偷将情报卖给德国人，所以日特准备找到吉川后，杀掉他，将情报抢回后送回本土。

欧阳剑平、高寒和李智博赶往昆明。马云飞虽然嘴上没有答应老于，但还是担心高寒等人的安危。最终，马云飞和何坚做火车也赶往昆明帮助五特其他几 人。火车上，遇到美军滋事，马云飞英雄救美，结识了化装成女学生的女日特酒井，而酒井之所以要去昆明，就是作为最高领导，指挥昆明日特处理吉川情报的事件。马云飞、何坚到达昆明后，和酒井分手，酒井立刻赶到日特昆明据点布置。欧阳等人到达昆明后，立刻得知一家药店被袭，药品被劫走。从掌握的资料看，偷 取原子弹情报的吉川猛夫受伤，而且从药店的作案手法分析，大家最终能把目标锁定为吉川。欧阳剑平分析出，吉川一定是在从美军基地逃跑受伤后，要寻找消炎药 瓶盘尼西林，这才袭击药店。而这个药店并没有盘尼西林，于是欧阳等人准备从药品下手寻找吉川的下落，也就是守株待兔，到昆明最大的药店临安堂，等候吉川猛 夫的出现，因为吉川的伤势，他不可能不有所行动。欧阳的分析果然不错，同一时间，吉川确实在各个药店寻找伤药。昆明最大的临安堂药店，五特人员化妆成药 店员工守株待兔，果然，化妆后的吉川赶到，被五特的人识破。正在大伙儿要抓捕吉川时，酒井带领日本特工赶到，也要抓捕吉川。双方一通枪战。

双方一通激战，双方互有损伤，最危急时刻，马云飞与何坚赶到，击败了酒井等人，但同时，吉川也趁乱逃走。见到马云飞到来，高寒自然高兴，但不免对马云飞一阵奚落，马云飞一笑而过，大伙儿商量下一步的对策。同一时间，吉川猛夫从临安堂逃走后，无处可去，只得找到自己在昆明的奶妈，临时住在奶妈家里。吉川的伤势很重，没有药品根本无法医治。吉川告诉奶妈，要救自己，只有一个人能行，就是史迪威基地的魏明磊。其实魏明磊也是日本的特工，并且与吉川的关系很好。吉川之所以能顺利从基地偷出原子弹资料，魏明磊的帮助功不可没。所以，魏明磊一定会帮助自己。奶妈来到基地，巧妙地找到魏明磊，魏明磊随奶妈来到住处，见到了吉川。吉川向魏明磊讲述了自己的遭遇，酒井等人如何想杀掉自己，夺走资料等，魏明磊震惊。吉川向魏明磊讲出了自己的计划：他要背叛日本，偷偷将情报卖给德国人，得到钱后和魏明磊平分，两人远走高飞。魏明磊听后大惊，最后，还是同意了吉川的注意。为了治疗吉川的伤，找到管制药物盘尼西林。盘尼西林是管制药物，很难弄到，魏明磊回到基地后，自己开枪打伤了自己，谎称自己是前几天追捕吉川时受伤，终于成功开出了盘尼西林。吉川得救了。

五特等人通过调查和分析，得出结论，整个资料被盗事件，很可能是在基地内部出了内奸，否则，日特不可能渗透进基地并取得资料。如果是这样，吉川在昆明的药店没有搞到消炎药品盘尼西林，很可能将通过基地的同伙，搞到这种药品。因为盘尼西林是管制药品，美军基地中相对容易搞到。于是，马云飞等人立刻赶到了史迪威基地。基地负责人听完五特的分析，表示同意，于是授权魏明磊协助五特查找基地内部的内奸。几人开始详细调查，并彻底检查最近几天基地的受伤人 员情况，以及盘尼西林药物的使用情况，希望籍此查出吉川的同党以及吉川的下落。但由于魏明磊的层层阻挠，调查工作进展的并不顺利。调查过程中，敏感的马云 飞感觉到了魏明磊的破绽，魏明磊欲盖弥彰。回到住处后，马云飞几人通过分析，首先将怀疑的焦点放在了魏明磊的身上。马云飞决定，当晚偷偷潜入美军基地，调 查魏明磊。当晚，马云飞与何坚化妆后，偷偷潜入史迪威基地，两人进入到魏明磊的房间检查，果然找到了魏明磊的证据。马云飞最终确认，自己的判断没有错，魏 明磊果然是内奸!就在马云飞等人调查的同时，狡猾的酒井等人也在行动。酒井等人通过种种手段，最终也将寻找吉川下落的线索，锁定在魏明磊的身上。狡猾的魏 明磊赶到了自己的威胁，也在思索如何对付五特和酒井。三方面的一场斗智斗勇开始了。

五特这边，准备先不点破魏明磊。既然知道了魏明磊是内奸，那么只要顺藤摸瓜，一定就可以找到吉川的下落。于是五特不露声色，开始悄悄跟踪魏明磊 的行踪，果然，几天后，众人确认了吉川的大致藏身地点。然而，就在五特即将行动之时，一场灾难降临了。原来，狡猾的吉川与魏明磊早就感觉到了来自五特的威 胁，如果不解决五特，他们将很危险。于是两人密谋，为今之计，必须要找到一个替死鬼，才能让吉川暂时安全。而唯一的方法，就是制造伪证，将窃取情报的事 情，嫁祸给五特!商定好后，魏明磊立刻赶回基地。利用他在美军基地工作的方便，迅速罗列伪造了大量证据，诬陷五号人员，愚蠢的基地负责人看到这些证据，立 刻相信了魏明磊的所谓证据，将盗取基地资料的怀疑放在了五特身上。同一时间，欧阳、高寒与博士(马云飞、何坚不在。)终于找到了吉川的藏身地点，一番激战 后，五特成功将吉川抓捕。然而，就在众人将要把吉川押走的时候，魏明磊率领众美军赶到，魏明磊出示证据，诬陷五特人员是盗取原子弹资料的间隙。魏明磊将 五特几人抓捕，带回基地。而吉川则趁机逃脱。