满语数之六为宁古,个为塔,相传清朝皇族先祖兄弟六人曾居此地,故名其地为宁古塔贝勒,简称宁古塔。顺治十年(1653年),设昂邦章京(意为总管)、副都统镇守,长期为清朝统治东北的重镇。17世纪中叶,俄国哥萨克侵扰黑龙江流域,清朝多次由此地派兵征讨。光绪二十九年(1903年),设绥芬厅于宁古塔辖境内的三岔口。宣统元年(1909年),裁宁古塔副都统,移绥芬厅治于宁古塔城,并升为绥芬府。1910年改为宁安府,1913年改为宁安县,1993年撤县为宁安市[1]。
宁古塔还是清代的流放地,吴兆骞、张缙(jìn)彦、方拱乾等文人都曾流放于此[2]。