殷仲文因殷仲堪推荐，为会稽王司马道子骠骑参军，不久转咨议参军。 元兴元年（402年）桓玄攻入京师，仲文弃郡投靠。桓玄失败，殷仲文随桓玄西逃至巴陵，后转投义军。义熙元年（405年）晋安帝复位，殷仲文任镇军长史，转尚书，不久迁东阳太守。义熙三年又暗中勾结永嘉太守骆球等人谋立桓胤为玄嗣，因东窗事发被杀。
《晋书》本传引谢灵运语，“若殷仲文读书半袁豹，则文才不减班固。”《隋书·经籍志》著录有集7卷，今存《解尚书表》文1篇，见《文选》卷三十八及《晋书》本传；存诗3首，见逯钦立《先秦汉魏晋南北朝诗》[3]。